Чем отличается маршрут 52 от 52а?

52а - это бывший 51. То есть из Симферополя не до Ялты, как 52, а до Алушты.

Только я так и не понял, в чем смысл заключался в переименовании 51 в 52А? Чтобы народ постоянно их путал?

Единственная вменяемая версия - некие документальные заморочки. Из серии того, что 51 мог улететь из междугороднего в пригородные или пришлось бы отчитываться о выпуске машин отдельно на 51 и отдельно на 52 - а выпуск, как известно, общий. Вот и сделали из двух документальных маршрутов один с возможностью укороченной версии. Никаких иных разумных объяснений действительно нет.